En la entrada del golfo, los tripulantes del velero St. George y de la barcaza St. John encontraron las islas de Amapalla (sic: Amapala) y Mangera (sic: Meanguera), arboladas y habitadas, al contrario del resto de islas e islotes de la zona. En su trayectoria, encontraron que la profundidad promedio de las aguas era de dos brazas, pero que entre Punta Cosigüina y Meanguera había aguas más profundas de entre 9 y 11 brazas, mientras que entre Meanguera y Amapala circulaban mejores corrientes de aire, que facilitaban la navegación.
En el pueblo portuario de Amapala (que no hay que confundir con el actual, en la isla hondureña del Tigre) estimaron que había unas cien familias españolas, dedicadas al comercio de cochinilla, cacao, cuero, cáñamo índico y muchos productos más. Al fondo del golfo, en los apuntes de Funnel figura una breve descripción de la aldea Choluteca, compuesta por unas 40 familias indígenas y un par de españoles residentes entre ellas, que viven del comercio e intercambio de mercancías, que los indígenas a su servicio efectuaban con los barcos que atracaban en sus aguas.
La expedición corsaria atracó en la deshabitada Conchagua con la intención de reparar al St. George y de buscar agua potable. Detrás de unas colinas encontraron una reserva de agua dulce y muchos plataneros. Para acarrear el líquido indispensable para el resto de la expedición, cada hombre debía escalar una colina y descender por el lado posterior para abastecer un barril de seis galones. Era un trabajo fatigoso, por lo que primero hicieron un camino libre de arbustos y hierbas el trayecto, para lo que usaron sus hachas y palas. Después, el carpintero les diseñó y fabricó una pipa de madera, que fue colocada en lo alto de la colina, por lo que ya sólo tenían que recorrer la mitad del camino y el resto lo hacía la pipa hasta los botes que conectaban con los buques anclados. En cuatro días recolectaron 25 toneladas de agua en ambas naves, así como cientos de kilogramos de plátanos.
Funnel describe que en la costa de México y Guatemala rara vez pudieron comer bien, por lo que cada vez que pudieron aprovecharon para comer conchas, ostras, caracoles y muchos pescados. Al hambre les tocó enfrentarla con mucha paciencia, pues hubo momentos en que su ración diaria estuvo sólo compuesta por media libra de vegetales por cada hombre, seguida cada dos días por dos onzas de carne salada.
Durante ese tiempo, el carpintero se dedicó a reparar los graves daños derivados de la batalla contra el Galeón de Manila, por lo que tapó los agujeros con madera y carbón, pero sin usar clavos, para no empeorar el daño de las cubiertas y quilla de la nave. Para evitar problemas con el peso, los cuatro grandes cañones fueron bajados a la bodega. Pero el peso de los problemas comenzó a surgir en otras situaciones, como fue la violencia sexual contra seis adolescentes que formaban parte de los últimos vestigios de aquella expedición iniciada con casi 250 lobos de mar.
El 1 de febrero de 1705, Funnel y los tripulantes de la barcaza St. John levaron anclas. Atrás quedaron Dampier y el St. George, que decidieron permanecer en el golfo unos días más. A bordo de él quedaron los únicos médico y carpintero de la expedición, por lo que las preocupaciones de Funnel fueron máximas, en especial porque aquella nave de 70 toneladas, con la madera carcomida por gusanos, debía llevarlos hasta la isla de Guam y otras posesiones españolas y holandesas en el sureste asiático. No había quien viera por los enfermos ni quien reparara la barcaza.
Funnel y la St. John pasaron entre Amapala y Meanguera con buen viento proveniente del noreste. En el trayecto, atraparon dos tortugas y “varios peces llamados colas amarillas, que vinieron nadando alrededor de nuestro buque. Estos peces tenían unos cuatro pies de longitud.
Tenían veinte aletas en su espalda (…) dos aletas grandes cerca de sus branquias, una de cada lado (…) Tienen una cabeza muy grande, un gran ojo, y es excelente comida. Son muy carnosos y no tienen huesos sino el de la espalda. Estos pescados, cuando fueron tomados por nosotros, parecían muy blancos, pero las puntas de sus aletas y cola eran amarillas, por lo que los llamamos ‘colas amarillas’. Fueron muy bienvenidos por nosotros, pues duraron tres días y así salvamos nuestras provisiones, alimentándonos nada más que de este pescado”.
El 3 de febrero, con el mar aún en calma, se orientaron a partir del volcán de San Miguel y emprendieron su ruta hacia el Pacífico Sur. El 11 de abril llegaron a una isla cercana a Guam, a 7,590 millas inglesas del volcán migueleño que siempre les sirvió de referente geográfico.
Tras ser capturados por los holandeses en Nueva Guinea y encarcelados en las islas de Ambonya y Java (mayo-septiembre de 1705), Funnel y sus hombres fueron liberados y embarcados rumbo a Europa por la ruta africana. Llegaron a Inglaterra el 26 de agosto de 1706. Pocos meses después, Funnel redactó su libro del viaje, que pronto fue criticado y hasta corregido con otro volumen escrito por Dampier, quien también fracasó en su propio intento por saquear la India y el sureste asiático.