Sucedió en las postrimerías de los años 40, el Club Deportivo España de la Primera División se disolvía y algunos de sus jugadores formaron otro onceno al que llamaron Club Deportivo Alacranes.Pero el 22 de abirl de 1950 el equipo pasó a llamarse Club Deportivo Atlético Marte, por iniciativa del jugador Conrado Miranda, siendo presidente el coronel José Castro Meléndez con la participación de otros personajes como Carlos Carranza que con el tiempo sería el masajista del equipo y los coroneles Fidel Quintanilla y Jesús Rodríguez.
El Marte se consolidó muy luego y en 1952 hizo una gira por Costa Rica en donde le ganó al Deportivo Saprissa con el marcador de 2 goles contra 0, era la primera vez que un equipo salvadoreño ganaba en tierras costarricenses. En 1955 el cuadro marciano gana su primera corona del fútbol nacional cuyo campeonato se jugaba a dos vueltas, tenía una plantilla de estelares jugadores entre quienes estaban Manuel “Tamalón” Garay, Antonio “Chino” Montes, Armando Larín, Rutilio Rivera, Luis «Loco» Regalado, Conrado Miranda, Alfredo Baiza Ruano, el hondureño Mario Rosa Chávez y los argentinos Gerónimo Pericullo, Juan Bautista Pérez y Raúl “Pibe” Vásquez. Esta misma base de jugadores logró el segundo título consecutivo en 1956 y 1957, con Miranda e Isaías “Negro” Choto en la dirección técnica.
En los años 60 el equipo tuvo un bajón pero a finales de esa década llegó a la dirección técnica Hernán Carrasco que ganó el cuarto y quinto título en el 69-70 y 70-71 con otros valores como Raúl “Araña” Magaña, Mauricio “Tarzán” Alvarenga, Guillermo “Loro” Castro, Julio César “Muñeca” Mejía, Mauricio “Pachín” González, Alberto “Pechuga” Villalta, Santiago Cortéz Méndez, Edgar “Patagorda” Morales, Antonio “Ruso” Quintanilla, Sergio de Jesús Méndez, Manuel Cañadas, Ernesto Aparicio, Wilfredo Rodríguez, Ernesto Pollo Méndez, los argentinos Rodolfo Baello, Andrés Ríos, el chileno Ricardo Sepúlveda y el brasileño Elenilson Franco.
Otro suceso notable fue el enfrentamiento que tuvo el Marte contra el Santos de Pelé, por entonces considerado el mejor equipo del mundo, en Panamá el 18 de enero de 1971 que finalizó con empate a un gol con anotaciones de Picolé por el Santos y de Elenilson Franco por el Marte.
Luego pasaría otra décadas sin títulos, pero llegaría el año 1980 en que el Marte se corona campeón con puros jugadores nacionales. Para entonces el título ya se decidía con una ronda final posterior a la temporada regular. El Atlético Marte se ubicó como segundo lugar en la ronda regular por detrás del Santiagueño, al que derrotó en la gran final tras superar en la semifinal al Alianza. Brillaban en ese equipo Carlos Felipe Cali Cañadas, Milton Campos, Jorge Peña, Ramón Fagoaga, Norberto Huezo, Salomón Campos Mezquita, Wil Huezo entre otros y eran dirigidos por el profesor Armando Contreras Palma.
Para el siguiente torneo el equipo azul clasificó a semifinales superando al Once Lobos con marcador de 2-0 y 1-1 y por el campeonato superó al Independiente de San Vicente 1-0 y 2-0. El equipo siempre era dirigido por Armando Contreras Palma con Juan Ramón “Món” Martínez como auxiliar.
En 1985, los “carabineros” se ubicaron al tope de la tabla tras las dieciocho jornadas, y clasificaron a la fase final junto al Águila, Alianza y al Firpo jugando una ronda de todos contra todos. Alianza había clasificado en el rimer lugar pero el formato determinaba que se jugará una serie contra el que resultara en el primer lugar de la semifinal.
Esta serie fue memorable, el Alianza triunfó en el primer juego 5-3 el día 22 de diciembre; y el segundo encuentro se jugó el 25 de diciembre, el Marte ganó 3-2 en el tiempo reglamentario y hubo necesidad de irse a tiempo extra pues no valían los goles de diferencia. En esa instancia el Marte hizo dos goles y ganó su octava y última corona hasta la actualidad.
Entre las temporadas 1986/87 y 1990/91 el Atlético Marte tuvo tres clasificaciones a semifinales, pero en 1991, clasificó al torne Recopa de CONCACAF tras superar al Luis Ángel Firpo. En la primera fase realizada en Guatemala, logró el primer puesto del grupo al ganar al Real Estelí 3-0, al Saprissa 1-0 y empatar a uno con el Comunicaciones. En la fase final logró el título al derrotar a la Universidad de Guadalajara 1-0 y al Racing Club de Haití. Y aunque perdió ante Comunicaciones 0-1, hizo más puntos que los anfitriones. Este ha sido el últimno título de Concacaf logrado por un equipo nacional.
Cambia de nombre
En lo que restaba de la década de los años 1990, el equipo se mantuvo como animador del torneo nacional y en 1996/97 cambió su nombre a Atlético Árabe Marte.En esos años pasaron por sus filas jugadores como el brasileño Rodinei Martins, el peruano Alberto “Chochera” Castillo. En la etapa de torneos cortos, el Atlético Marte entró en declive al inicio de los años 2000. Aparte de caer en crisis económica, acabó en el último puesto de la tabla acumulada de los torneos Apertura 2001 y Clausura 2002 quer determinaron su descenso a la Segunda División.Pese a esta difícil etapa, hubo dirigentes allegados a la historia del Marte que no lo abandonaron. Quien lideró esta campaña para retornar al equipo a la máxima categoría fue Raúl Alfredo Magaña quien animó a patrocinadores y directivos para emprender un proyecto. Además, en este período llegó a cambiar su nombre por el de Atlético Marte Quezaltepeque, por lo que cambió su sede a este municipio.
Retorno a Primera División
El torneo Apertura 2008, el Marte logró el primer título de torneos cortos de la Segunda División de la mano del director técnico argentino Ramiro Cepeda, al batir en la final al Municipal Limeño con marcador de 2-1. Pero para lograr el regreso a la máxima categoría debía ganar también el Clausura 2009, pero el objetivo no se cumplió al quedar en semifinales. La oportunidad para el ascenso vendría entonces por medio de una final contra el ganador de este torneo, AFI El Roble. Dicho juego se llevó a cabo el 14 de junio en el estadio Cuscatlán, en el que el equipo bandera se agenció el título de la Liga de Ascenso y por tanto el retorno a la Primera División, al superar al rival por la mínima diferencia. El gol fue anotado por Roberto Maradiaga, mientras que Cepeda se mantenía como director técnico.
Apertura 2013
En el Apertura 2013 el Atlético Marte realizó su mejor desempeño en los torneos cortos, ya que lideró la tabla de clasificación al término de la primera fase, por lo que logró entrar a semifinales, algo que no había sucedido desde el Clausura de 19999. Bajo la dirección del técnico nacional Guillermo Rivera, el equipo se mantuvo invicto hasta la penúltima jornada, ya que cayó derrotado ante la Universidad de El Salvador en la fecha final de las dos vueltas de clasificación. Sin embargo, quedó fuera de disputar la final al caer contra el Metapán con marcadores de 0-1 en la ida, y 2-2 en la vuelta. En este certamen el argentino Gonzalo Mazzia, empató el liderato de romperredes con Jesús Toscanini del Juventud Independiente.
El Uniforme
En el uniforme del Atlético Marte predomina el color azul con ribetes de color blanco.
Originalmente su uniforme era confromada por unacamisola de color crema y calzoneta ocre. Estos colores cambiaron en 1959 al uniforme tradicional de azul y blanco.
En la actualidad el equipo se encuentra en el último lugar de la tabla con 31 puntos y esta noche debe disputar un juego crucial ante el Pasaquina. Un triunfo ante el equipo oriental en el estadio Cuscatlán sería vital para salvar la categoría.