El ciclista del Cofidis aceleró y dejó atrás a un pelotón reducido a 2,5 km de la meta, sin mirar atrás.
Su compatriota Dani Moreno (Katusha) fue segundo y el holandés Wilco Kelderman (Belkin) se llevó el tercer puesto, ambos a dos segundos de distancia.
El español Alberto Contador (Tinkoff-Saxo) retuvo el maillot de líder de la clasificación general tras finalizar séptimo junto con los otros favoritos, a cinco segundos de Navarro.
El ex campeón del giro de Italia Damiano Cunego y Luis León Sánchez, ganador de varias etapas en el Tour de Francia, protagonizaron la única fuga del día pero fueron neutralizados a falta de 20 km cuando el equipo del FDJ.fr subió el ritmo del pelotón para lanzar un sprint para el especialista Nacer Bouhanni. El francés se quedó sin fuerzas y terminó quinto.
El británico Chris Froome, cuarto en la general, intentó recortar distancias pero los españoles Alejandro Valverde y Contador saltaron a su rueda.
Contador tiene 20 segundos de ventaja sobre Valverde (Movistar) y un minuto y ocho segundos sobre el colombiano Rigoberto Uran. Froome, del Team Sky, está a 1:20 del líder.
El sábado espera una etapa montañosa de 200,8 km entre Santander y La Camperona.