El 3 de mayo de 2014, Mauricio Funes pidió al gobierno panameño no conceder el asilo político a su antecesor, el expresidente Francisco Flores, por enfrentar un proceso judicial en su contra, una condición en la que ahora se encuentra el mismo Funes.
Según informó La Prensa de Panamá, en esa ocasión Funes aseguró que Flores estaba en Panamá e iba a pedir asilo político tras enfrentar la acusación de apropiarse de 15.3 millones de dólares de donaciones de China-Taiwán.
Dos años después, Funes gestionó y obtuvo de manera exprés el asilo político en Nicaragua pese a que enfrenta un juicio por presunto enriquecimiento ilícito en la Cámara Segunda de lo Civil de San Salvador y la Fiscalía General ha abierto una investigación penal en su contra por otros cuatro delitos.
“Según la prensa, el expresidente Flores está en Panamá y va a pedir asilo político. Yo esperaría que el presidente (Ricardo) Martinelli (lo) piense bien, porque no es un perseguido político (…) hay una persecución penal por delitos cometidos siendo presidente de la República”, dijo Funes en su programa de radio y televisión Conversando con el Presidente, citado por el periódico La Prensa de Panamá y la agencia AFP.
Según la misma publicación, en Panamá circulaban versiones de prensa que señalaban que Flores se encontraba en una playa de ese país, bajo la protección de la expresidenta Mireya Moscoso.
Funes dijo, sin precisar los casos, que en Panamá “ya hay antecedentes de asilos políticos que se han dado” y cuyos beneficiados “han sido exfuncionarios de gobierno, expresidentes que se han considerado perseguidos políticos cuando en el fondo han estado siendo perseguidos por delitos comunes como actos de corrupción”.
“Una acusación por el delito de enriquecimiento ilícito, peculado y desobediencia, no puede ser tomada como juicio político y por lo tanto no tiene sentido que el expresidente Flores esté pidiendo asilo político en Panamá como, según medios internacionales, lo han dado a conocer”, dijo el gobernante.
Afirmó que “el perseguido político es aquel que es perseguido en razón de sus ideas políticas, no es aquel que es perseguido por delitos comunes que ha cometido y en este caso como funcionario, delitos cometidos en el ejercicio de su función como Presidente de la República”.
Cuando Funes dijo lo anterior, las autoridades judiciales no habían emitido orden de captura contra Flores, aunque lo habían citado para informarle sobre el proceso judicial en su contra, pero sólo comparecieron sus abogados.
Flores se presentó posteriormente para enfrentar el proceso.
Funes, sin embargo, se fue para Nicaragua cuando la Fiscalía inició una serie de allanamientos en sus residencias y le decomisó bienes. En seguida, logró que en cuestión de días el gobierno del vecino país le diera el asilo político.