La huelga más dura y compleja que el país ha vivido ocurrió durante la administración de Francisco Flores.
El Instituto Salvadoreño del Seguro Social vivió ocho meses consecutivos de conflicto y huelgas a los que se sumaron personal de todo el sistema de salud.
Los problemas acechaban al ISSSdesde 1999. En junio de ese año se hizo la primera huelga a raíz del rumor de que buscaban privatizar al ISSS.
Los protestas esporádicas continuaron en los siguientes años hasta que las amenazas de huelgas volvieron a estallar en agosto de 2002.
El Hospital de Oncología fue el primero en ser abandonado y pronto se sumaron otros.
En octubre de ese año, el Juzgado Primero de lo Laboral declaró ilegal la huelga pero la protesta se agudizó con marchas masivas y bloqueo de calles. En noviembre, la huelga se volvió indefinida y se extendía a hospitales nacionales y del ISSS.
El expresidente Francisco Flores inició reuniones a puerta cerrada con los dirigentes del movimiento de médicos.
Ese mismo mes retiró el anteproyecto de reforma de salud que había interpuesto en la Asamblea Legislativa y aseguró que no iba a vetar el decreto 1024 de Garantía Estatal de la Salud y Previsión Social, que impedía la privatización de los servicios de salud.
Aunque el decreto fue publicado en el Diario Oficial, la huelga continuó hasta junio de 2003. Se vivieron más meses de tensión.
Mauricio Ventura, Ricardo Cea y Guillermo Mata Bennett, ahora funcionarios del gobierno del FMLN, eran parte de los dirigentes de la huelga.
Dirigentes médicos realizaron una huelga de hambre para presionar la aprobación de un decreto de garantía laboral e impedir el despido de quienes participaron en la huelga.
Aunque tenía discrepancias con la última propuesta, Flores la aceptó para acabar el conflicto.